Trouver un producteur

Je souhaite recevoir les nouvelles des Fraîches du Québec

Développement d’une approche moléculaire de détection des virus chez la fraise et framboise (2019-2021)

Projets de recherche, Tous

Ce projet vise à développer une méthodologie de détection moléculaire rapide et sensible qui assure l’identification précise des virus des framboisiers et des fraisiers. Ce processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combine les techniques de séquençage à haut débit à d’innovants outils d’analyses bio-informatiques et d’apprentissage machine pour fournir au phytopathologiste un verdict quantitatif et des recommandations.

Ce projet de recherche est dirigé par Richard Hogue à l’Institut de recherche et développement en agroenvironnement (IRDA) financé par le programme Prime-Vert du MAPAQ de 2019-2021.

Résumé du projet : Une vingtaine de virus infectent les framboisiers et près d’une trentaine de virus infectent les fraisiers.  Au Québec, le laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection (LEDP) du MAPAQ utilise la technique ELISA pour détecter/identifier 8 virus du framboisier et 4 du fraisier, et la technique RT-qPCR pour 5 virus du fraisier. La technique RT-qPCR étant plus précise et sensible, d’importantes ressources sont nécessaires afin d’adapter les protocoles de détection qRT-PCR qui manquent et ainsi produire de nouveaux protocoles en référence à ceux déjà utilisés par le LEDP.

Le projet propose d’utiliser les techniques de séquençage de haut débit (SHD) pour développer un processus de détection et d’identification des virus (PDIV) combinant les techniques SHD à des outils d’analyses bio-informatiques innovants permettant de transmettre au phytopathologiste, via une interface conviviale, un verdict quantitatif qui détecte et identifie avec une seule analyse tous les virus qui infectent un échantillon.

Pour assurer la détection et l’identification précise de tous les virus des framboisiers et des fraisiers, le projet développera : (1) une collection de séquences virales de référence issues du génome de chacun des virus connus; (2) une collection d’échantillons asymptomatiques et symptomatiques infectés par un ou plusieurs virus.  Une base de données regroupant toutes les séquences issues du SHD sera couplée à une base de données regroupant les paramètres agronomiques, environnementaux et diagnostiques de chacun des échantillons. Ces collections et bases de données serviront lors des essais visant à démontrer l’efficacité diagnostique supérieure du PDIV comparativement à celle des protocoles de référence utilisés par le LEDP. Une analyse économique comparera les coûts d’implantation et d’utilisation des tests LEDP et du PDIV, et les gains obtenus de l’application du PDIV.