L’APFFQ est administrée par une assemblée d’élus dynamiques et inspirants. Présidé par M. David Lemire, le conseil d’administration est constitué de 22 administrateurs de toutes les régions du Québec.

Constitué du président, de deux vice-présidents et de deux membres, le conseil exécutif suit plus particulièrement les affaires courantes de l’association. Au jour le jour, l’APFFQ est dirigée par une petite équipe de permanents : une directrice générale, une adjointe administrative et une agente de recherche.