L’objectif de ce projet est d’utiliser des techniques de séquençage à haut débit (HTS) pour développer un procédé de détection et d’identification de virus (PDIV). Le processus combinera HTS avec des outils d’analyse bioinformatiques innovants afin que, à l’aide d’une seule analyse, les phytopathologistes puissent recevoir, via une interface conviviale, un verdict quantitatif concernant la présence et l’identité de tous les virus infectant l’échantillon.

Pour assurer la détection et l’identification précises de tous les virus du framboisier et du fraisier, le projet développera

• une collection de référence de séquences virales dérivées du génome pour chaque virus connu, et
• une collection d’échantillons asymptomatiques et d’échantillons symptomatiques infectés par un ou plusieurs virus.

Une base de données avec toutes les séquences HTS sera liée à une base de données des paramètres agronomiques, environnementaux et diagnostiques pour chaque échantillon. Lors des essais, ces collections et bases de données de séquences seront utilisées pour démontrer l’efficacité diagnostique supérieure du PDIV par rapport aux protocoles de référence utilisés par le Laboratoire d’expertise et de diagnostic en phytoprotection (LEDP).

Une analyse économique comparera les coûts de mise en œuvre et d’utilisation des tests LEDP et PDIV, et les avantages tirés de l’utilisation du PDIV.

Ce projet est piloté par Richard Hogue de l’IRDA.